按照《中華人民共和國保守國家秘密法》的規(guī)定，國家秘密是關(guān)系國家安全和發(fā)展利益，依照法定程序確定，在一定時間內(nèi)只限一定范圍的人員知悉的事項。
按照中國《反不正當(dāng)競爭法》的規(guī)定，商業(yè)秘密是指不為公眾所知悉、能為權(quán)利人帶來經(jīng)濟利益，具有實用性并經(jīng)權(quán)利人采取保密措施的技術(shù)信息和經(jīng)營信息。
國家秘密和商業(yè)秘密同是涉及國家秘密的企業(yè)、事業(yè)單位所產(chǎn)生的兩種秘密形態(tài)，特別是涉及經(jīng)濟、科技、國防、能源等方面的秘密事項十分相近相似，往往容易產(chǎn)生混淆。正確把握兩者的關(guān)系，無論對于國家秘密保護還是對于商業(yè)秘密保護，都有重要意義。
國家秘密與商業(yè)秘密的區(qū)別，主要表現(xiàn)在以下方面：
一是各自涉及的利益主體不同。國家秘密的利益主體是國家，商業(yè)秘密的利益主體是權(quán)利人。國家秘密是關(guān)系國家安全和利益的事項，其內(nèi)容涉及國家的政治、軍事、外交、國民經(jīng)濟和社會發(fā)展、科學(xué)技術(shù)、社會穩(wěn)定和公共安全等領(lǐng)域，國家秘密一旦泄露會使國家的安全和利益受到損害。而商業(yè)秘密僅僅是涉及權(quán)利人經(jīng)濟利益和競爭優(yōu)勢，其內(nèi)容也局限于科研、生產(chǎn)、經(jīng)營活動有關(guān)的技術(shù)信息和經(jīng)營信息。商業(yè)秘密一旦泄露，損害的是商業(yè)秘密權(quán)利人的利益，如企業(yè)、科研機構(gòu)或技術(shù)研究人員的利益。
二是確定的權(quán)限和程序不同。國家秘密必須依照法定程序確定，必須以國家有關(guān)部門頒布的保密范圍作為確定國家秘密具體事項的法律依據(jù)。商業(yè)秘密的確定沒有嚴(yán)格的法定程序，只要符合商業(yè)秘密的相關(guān)條件，由權(quán)利人自己確認(rèn)并采取合理實際的保密措施，就會受到法律的保護。
三是處置的權(quán)限不同。國家秘密未經(jīng)法律授權(quán)的機關(guān)審查批準(zhǔn)，不得擅自對外提供或轉(zhuǎn)讓。商業(yè)秘密只要權(quán)利人愿意，一般都可以參與市場交易進行轉(zhuǎn)讓，不需要嚴(yán)格履行法定程序。除非這種轉(zhuǎn)讓有礙公序良俗，會對他人的權(quán)利或公共利益造成損害，否則不受法律約束。
四是適用的法律規(guī)范不同。由于國家秘密和商業(yè)秘密適用的法律不同，所以法律對兩者的規(guī)范也不盡相同。對于國家秘密來講，保密措施是依法實施的，密級越高，按規(guī)定必須采取的保密措施也越嚴(yán)格。對商業(yè)秘密來說，法律并不對權(quán)利人要采取哪些保密措施做出統(tǒng)一規(guī)定，而是由權(quán)利人自行決定采取何種保密措施。法律對于國家秘密的保護是一種強制力的國家行為，任何有權(quán)接觸、使用國家秘密的人都必須承擔(dān)相應(yīng)的保密義務(wù)，任何非法披露、提供或轉(zhuǎn)讓國家秘密的行為，都是泄密行為，都要依法追究法律責(zé)任。而泄露商業(yè)秘密，權(quán)利人可以要求依法追究當(dāng)事人的責(zé)任，也可以放棄訴權(quán)不予追究。泄露國家秘密應(yīng)承擔(dān)的法律責(zé)任主要是刑事責(zé)任和行政責(zé)任，泄露商業(yè)秘密承擔(dān)的法律責(zé)任主要是刑事責(zé)任和民事責(zé)任。
商業(yè)秘密與國家秘密有著千絲萬縷的聯(lián)系。在我國以公有制經(jīng)濟為主體的經(jīng)濟結(jié)構(gòu)中，國有企業(yè)特別是國家高度控制的能源、國防、金融、電信等直接關(guān)系國家經(jīng)濟安全的基礎(chǔ)工業(yè)，商業(yè)秘密與國家秘密的聯(lián)系更為緊密。主要表現(xiàn)為：商業(yè)秘密是與國家利益相關(guān)的特殊商業(yè)信息；商業(yè)秘密與國家秘密在一定條件下可以相互轉(zhuǎn)化；商業(yè)秘密中的部分重要技術(shù)信息和經(jīng)營信息也屬于國有無形資產(chǎn)。
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